Quando Sensei Mikao Usui criou o sistema de cura Reiki, ele ensinava o caminho em três níveis: Shoden( nível I), Okuden( nível II) e Shipiden ( nível 3- Mestre). O Shipiden por sua vez era ensinado em dois estágios: Shihan Kaku ( professor assistente), que está habilitado a ensinar apenas o Shoden e Shihan, que está habilitado a ensinar o Okuden.  No sistema original isto se refere à autorizações. O ensino do Shipiden traz todo o conhecimento sobre como e o que ensinar e sobre a sintonização, mas as autorizações sobre os níveis que está habilitado a ensinar depende da avaliação do Mestre Professor e do cumprimento de vários pré-requisitos. Apenas depois de alguns anos, e alguns pré-requisitos o professor poderia ser habilitado a ensinar o Shipiden. O Jikiden Reiki que segue o ensino conforme transmitido por Dr Hayashi ensina ainda desta forma.

Quando Sra Takata passou a ensinar oficialmente o Reiki, conforme autorizado por Dr Hayashi, ela ensinou o Reiki também em três níveis: nível I, nível II e nível III (mestrado).

Com sua morte, a Reiki Alliance continuou ensinando como a Sra Takata ensinava, o Reiki Radiance dividiu o ensino em sete níveis. Destas Associações alguns mestres optaram por se tornar independentes, seguir seus caminhos sem as normas e diretrizes das Associações vigentes. Algumas linhas diferentes de Reiki passaram a coexistir. Dentre elas o Reiki Usui Tibetano, trazido por William Lee Rand, que uniu o sistema Raku Kei, ensinado por Arthur Robertson, e o Reiki tradicional. Neste sistema algumas técnicas importantes para cura e alguns instrumentos foram acrescidos ao sistema original. Desta forma, o Reiki 3 passou a ser ensinado em duas etapas: Reiki III- A, conhecido como Mestre de Si mesmo que é aberto a todos, e Reiki III- B, para ensinar a dar aula àqueles que querem ensinar o caminho e aprofundar todos os conhecimentos.